Edifício cujas origens ascendem à segunda metade do século XIII, considerada um exemplar magnífico do Gótico Inicial (ou Gótico de transição) em Portugal.
Supõe-se ter sido a primeira sede da Ordem do Templo. São dignas de registo algumas lápides parietais, nomeadamente as de D. Gualdim Pais e a de Mestre Lourenço Martins e Mestre D. Gil Martins, todas em caracteres góticos legíveis.
À frente da Igreja, situa-se uma torre de planta retangular com dois andares e situada num nível superior. Acredita-se que tenha sido adaptada de uma antiga torre de vigia romana ou defensiva.
Desde há muito se especula sobre a existência de um túnel que ligaria esta torre ao Castelo dos Templários, situado a uns quilómetros de distância, mas até hoje nada se concluiu.
No interior podem encontrar-se signos lapidários e o famoso "Signum Salomonis" (Selo de Salomão) em vários pontos.
A disposição do edifício e a forma como a luz entra pelas janelas em datas específicas (como equinócios) alimentam teorias sobre o conhecimento astronómico e esotérico da Ordem.
Durante séculos, esta igreja gozou do estatuto de "Igreja Matriz" de todas as terras descobertas pelos portugueses no Além-Mar. Por decreto papal, todas as paróquias criadas na Ásia, África e América estavam, tecnicamente, sob a jurisdição espiritual de Santa Maria dos Olivais de Tomar.